El Museo de pintura del Santísimo Cristo de los Milagros está situado dentro de la Parroquia de Santa Catalina, anexo a su capilla. Fue inaugurado el 13 de septiembre de 1975 con el pintor barrajense don Benjamín Palencia como invitado especial, cuyo padre al parecer fue cartero urbano en El Bonillo a principios de este siglo. Para deleite del visitante se exponen en él diferentes piezas que sin duda le sorprenderán.

El Santísimo Cristo de Los Milagros, patrón de El Bonillo es la pieza principal del museo en torno a la que giran la cultura, historia y creencias del municipio.
Otra de las obras de enorme interés que alberga el museo es "El Cristo abrazado a la cruz" de El Greco, junto a él se conserva un lienzo de López Portaña titulado "El Milagro del Cristo".

Como muestra de la pintura barroca española se encuentran también un San Pedro y un San Vicente Ferrer atribuidos a Ribera. Además se puede admirar la "Sacra Central", que según el diccionario de la RAE se trata de "una de las hojas impresas o manuscritas, que en sus correspondientes tablas, cuadros o marcos con cristales, se solían poner en el altar para que el sacerdote pudiera leer cómodamente algunas oraciones y otras partes de la misa sin recurrir al misal".

Otro lienzo expuesto en este museo es "La Magdalena" de Andrea del Sarto (1487-1531).